" ترا شکر می کنم که از پوچی ها ، ناپایداری ها ، خوشی ها و قید و بندها آزادم کردی و مرا در طوفانهای خطرناک حوادث رها ننمودی، و درغوغای حیات، در مبارزه با ظلم و کفر غرقم کردی، لذت مبارزه را به من چشاندی ، مفهوم واقعی حیات را به من فهماندی... فهمیدم که سعادت حیات در خوشی و آرامش و آسایش نیست ، بلکه در جنگ و درد و رنج و مصیبت و مبارزه با کفر و ظلم و بالاخره در شهادت است.

خدایا ترا شکر می کنم که به من نعمت " توکل " و " رضا" عطا کردی، و در سخت ترین طوفانها و خطرناکترین گردابها، آنچنان به من اطمینان و آرامش دادی که با سرنوشت و همه پستی ها و بلندیهایش آشتی کردم و به آنچه تو بر من مقدر کرده ای رضا دادم.

خدایا در مواقع خطر مرا تنها نگذاشتی ، تو در کویر تنهایی، انیس شبهای تار من شدی، تو در ظلمت ناامیدی، دست مرا گرفتی و کمک کردی... که هیچ عقل و منطقی قادر به محاسبه پیش بینی نبود، تو بر دلم الهام کردی و به رضا و توکل مرا مسلح نمودی، و در میان ابرهای ابهام و در مسیری تاریک مجهور و وحشتناک مرا هدایت کردی."

شهید دکتر مصطفی چمران

" خدایا تو مرا عشق کردی که در قلب عشاق بسوزم. تو مرا اشک کردی که در چشم یتیمان بجوشم. تو مرا آه کردی که از سینه بینوایان و دردمندان به آسمان صعود کنم. تو مرا فریاد کردی که کلمه حق را هر چه رساتر برابر جباران اعلام نمایم. تو مرا در دریای مصیبت و بلا غرق کردی و در کویر فقر و حرمان تنهایی سوزاندی. خدایا تو پوچی لذات زودگذر را عیان نمودی، تو ناپایداری روزگار را نشان دادی. لذت مبارزه را چشاندی. ارزش شهادت را آموختی."

شهید دکتر مصطفی چمران

" خدایا عذر می خواهم از اینکه در مقابل تو می ایستم و از خود سخن می گویم و خود را چیزی به حساب می آورم که تو را شکر کند و در مقابل تو بایستد و خود را طرف مقابل به حساب آورد! خدایا آنچه می گویم از قلبم می جوشد و از روحم لبریز می شود. خدایا دل شکسته ام، زجر کشیده ام، ظلم زده ام، از همه چیز ناامید و از بازی سرنوشت مأیوسم، در مقابل آینده ای تیره و مبهم و تاریک فرو رفته ام، تنها ترا می شناسم ، تنها به سوی تو می آیم، تنها با تو راز و نیاز می کنم."

شهید دکتر مصطفی چمران

" خدایا از آنچه کرده ام اجر نمی خواهم و به خاطر فداکاریهای خود بر تو فخر نمی فروشم، آنچه داشته ام تو داده ای و آنچه کرده ام تو میسرنمودی، همه استعدادهای من، همه قدرتهای من، همه وجود من زاده اراده تو است، من از خود چیزی ندارم که ارائه دهم، از خود کاری نکرده ام که پاداشی بخواهم.

خدایا هنگامی که غرش رعد آسای من در بحبوحه طوفان حوادث محو می شد و به کسی نمی رسید، هنگامی که فریاد استغاثه من در میان فحش ها و تهمت ها و دروغ ها ناپدید می شد... تو ای خدای من، ناله ضعیف شبانگاه مرا می شنیدی و بر قلب خفته ام نورمی تافتی و به استغاثه من لبیک می گفتی. تو ای خدای من، در مواقع خطر مرا تنها نگذاشتی، تو در تنهایی، انیس شبهای تار من شدی، تو در ظلمت نا امیدی دست مرا گرفتی و هدایت کردی. در ایامی که هیچ عقل و منطقی قادر به محاسبه نبود، تو بر دلم الهام کردی و به رضا و توکل مرا مسلح نمودی... خدایا تو را شکر می کنم که مرا بی نیاز کردی تا از هیچکس و از هیچ چیز انتظاری نداشته باشم. "

شهید دکتر مصطفی چمران

" خدایا می دانی که در زندگی پرتلاطم خود، لحظه ای تو را فراموش نکردم.همه جا به طرفداری حق قیام کرده ام. حق را گفته ام. از مکتب مقدس تو در هر شرایطی دفاع کرده ام. کمال و جمال و جلال تو را به همه مخالفان و منکران وجودت عرضه کرده ام و از تهمت ها و بدگویی ها و ناسزاهای آنها ابا نکردم. در آن روزگاری که طرفداری ازاسلام به ارتجاع و به قهقراگری تعبیر می شد و کمتر کسی جرأت می کرد که از مکتب مقدس تو دفاع کند، من در همه جا، حتی در سرزمین کفر، علم اسلام را بر می افراشتم و با تبلیغ منطقی و قوی خود، همه مخالفین را وادار به احترام می کردم و تو ای خدای بزرگ! خوب می دانی که این فقط بر اساس اعتقاد و ایمان قلبی من بود و هیچ محرک دیگری جز تو نمی توانست داشته باشد."

شهید دکتر مصطفی چمران